Coloca el agua, 1/2 cebolla y ajo en una olla a fuego medio-alto. Cuando empiece a hervir, agrega la médula, reduce el fuego y cocina durante 10 minutos. Retira la médula y córtala en cuadritos.

Licúa el jitomate, el resto de la cebolla y el chile chipotle. Vierte dentro de un sartén con el aceite caliente y deja que hierva a fuego lento durante unos minutos. Agrega el caldo de la médula.

Regresa la médula a la olla con el caldo, sazona con sal y deja que la sopa dé un último hervor.